Taller 1: Introducción al biocómputo en Sistemas Linux y su aplicación en filoinformática

Nivel: principiante

Objetivo: Presentar una introducción al biocómputo en el ambiente Linux. En la primera semana se enseñará el uso del sistema operativo, incluyendo bases de programación en Bash (Shell), para un manejo eficiente del sistema, incluyendo la automatización de procesos repetitivos. Todo ello con un enfoque práctico, dirigido a bioinformática. La segunda semana estará dirigida a enseñar conceptos y programas centrales de bioinformática, mismos que serán utilizados desde la línea de comandos.

Requisitos: Ser estudiante o profesional con conocimientos de biología, medicina o disciplinas afines y que tengan necesidad de aprender el biocómputo en el ambiente Linux. No se requieren conocimientos previos de Linux o programación. Algunas de las pláticas y talleres serán en inglés, por lo tanto se requiere dominio del idioma.

Lugar: Aula 3 LCG

Programa

Semana 1 (del 13 al 17 de Enero de 2014)

Descubriendo el poder del intérprete de comandos (shell); bye bye Windows!

Día 1.
Lunes 13 de Enero
Introducción e interacción con Linux. Georgios Magklaras (UiO, Noruega)
10:30-11:30 Infraestructura local
Introducción a Linux:
  • Historia
  • ¿Por qué usar Linux?
  • Estructura de Linux
11:30-12:00 Coffee break
12:00-13:30 Distribuciones de Linux
Instalación de Linux
Interactuando con Linux (GUI, command line)
Shell o línea de comandos
  • Principios básicos del shell
  • El shell prompt
  • Ambiente del shell y sus variables
  • Sistema de archivos
  • Navegando en el sistema de archivos
  • Listando archivos
13:30-15:30 Comida
15:30-16:45 Práctica 1. Interactuando con Linux y su sistema de archivos
16:45-17:00 Cofee break
17:00-18:30 Práctica 1. Interactuando con Linux y su sistema de archivos
Día 2.
Martes 14 de Enero.
Comandos básicos para el manejo de archivos y procesos. Heladia Salgado (CCG-UNAM, México), Georgios Magklaras (UiO, Noruega)
10:00-11:30 Tipos de archivos
Tips para el nombrado de archivos y directorios
Comodines
Comandos para el manejo de archivos y directorios
  • Permisos
  • Listar
  • Desplegar el contenido de un archivo
  • Mover y renombrar
  • Copiar
  • Borrar
Comandos para el manejo de archivos comprimidos
Redireccionamientos y tuberías
Editores de texto
11:30-12:00 Coffee break
12:00-13:30 ¿Qué es un proceso?
Comandos para el manejo de procesos
  • Despliegue de los procesos (ps,top, pstree, jobs)
  • Detener un proceso
  • Procesos en primer y segundo plano (bg, fg)
13:30-15:30 Comida
15:30-16:45 Práctica 2. Manejando archivos y procesos
16:45-17:00 Coffee break
17:00-18:30 Práctica 2. Manejando archivos y procesos
Día 3.
Miércoles 15 de Enero
Comandos para manipular el contenido de un archivo. Heladia Salgado (CCG-UNAM, México), Georgios Magklaras (UiO, Noruega)
10:00-11:30 Contando líneas
Cortando líneas
Ordenando líneas
Manejo de líneas repetidos
Búsqueda de patrones
11:30-12:00 Coffee break
12:00-13:30 Awk
Perl command line
13:30-15:30 Comida
15:30-16:45 Práctica 3. Manipulando la información de un archivo
16:45-17:00 Coffee break
17:00-18:30 Práctica 3. Manipulando la información de un archivo
Día 4.
Jueves 16 de Enero
Scripts y variables de ambiente.
10:00-11:30 Variables de ambiente
  • Para qué sirven las variables de ambiente
  • Creación de variables de ambiente
  • Exportar variables de ambiente
  • Concatenar valores a una variable
  • Eliminar una variable
  • Variables permanentes
11:30-12:00 Coffee break
12:00-13:30 Introducción a los scripts en shell
13:30-15:30 Comida
15:30-16:45 Práctica 4. Manejando variables y scripts
16:45-17:00 Coffee break
17:00-18:30 Práctica 4. Manejando variables y scripts
Día 5.
Viernes 17 de Enero
Proyecto
10:00-11:30 Descripción del proyecto
Desarrollo del proyecto
11:30-12:00 Coffee break
12:00-13:30 Desarrollo del proyecto
13:30-15:30 Comida
15:30-16:45 Desarrollo del proyecto
Entrega de resultados
16:45-17:00 Coffee break
17:00-18:30 Revisión de resultados
 

Semana 2 (del 20 al 24 de Enero de 2014): Bioinformática básica desde la línea de comandos

  • Concepto de homología. Enrique Merino (IBt-UNAM). Lunes 20.
    • Búsqueda de homólogos en bases de datos mediante BLAST
    • Formateo de bases de datos locales
    • Parseo de resultados de BLAST
    • Búsqueda textual de secuencias en GenBank mediante Entrez
  • Alineamientos múltiples. Pablo Vinuesa (CCG-UNAM). Martes 21.
    • Algoritmos básicos
    • Uso de clustalw, muscle y mafft desde la línea de comandos
    • Alineamientos de codones y secuencias ribosomales
    • Edición de alineamientos y su concatenación
  • Inferencia filogenética 1: Conceptos básicos, métodos de distancias y modelos de sustitución. Pablo Vinuesa (CCG-UNAM). Miércoles 22.
    • Modelos de sustitución y métodos de distancia
    • Prueba de bootstrap
    • Uso del paquete Phylip y programas para automatizar análisis con Phylip
  • Inferencia filogenética 2: Máxima verosimilitud. Pablo Vinuesa (CCG-UNAM). Jueves 23.
    • Modelos de sustitución empíricos y paramétricos
    • Selección de modelos de sustitución jModelTest y ProtTest
    • Algoritmos de búsqueda de árboles y su implementación en PhyML3
  • Inferencia filogenética 3: Inferencia bayesiana de filogenias. Viernes 24.
    • MrBayes
    • Análisis de convergencia de corridas MCMCMC independientes