NGS: Genómica Funcional – Transcriptómica

Datos Generales

Código: T2-NGS-TF
Duración: 40 horas
Nivel: Intermedio
Idioma: Español

Descripción

El taller presenta las tecnologías de NGS para el análisis funcional de genomas mediante diferentes técnicas de transcriptómica (RNA-seq), con énfasis en el manejo práctico de las metodologías computacionales (software); así como su aplicación al ensamble de transcriptomas y análisis de expresión diferencial de genes.

Objetivo del curso

Brindar las habilidades necesarias para entender y utilizar eficazmente las herramientas bioinformáticas para el análisis de experimentos transcriptómicos usando RNA-Seq.

Audiencia

Está dirigido a personas que tienen conocimientos básicos en área de la computación, incluyendo experiencia con el uso y ejecución de comandos Linux vía terminal, así como con el lenguaje de programación R.

Pre-Requisitos

Unix/Linux a nivel intermedio. Todas las demostraciones de software se harán en este sistema operativo.

  • Los participantes necesitan tener conocimientos de nivel intermedio en la línea de comandos de UNIX/Linux; lo que implica, manejo de archivos y directorios (rm, mkdir, cd, less, cut, sort, uniq, etc), formateo de datos (awk o perl command line, sed).

Estadistica básica. Se requieren conocimientos básicos de estadística (conceptos básicos: media, mediana, desviación estándar, distribuciones estadísticas, pruebas de hipótesis, logaritmos).

Lenguaje de programación R.

  • Los participantes deberán tener conocimientos básicos del lenguaje de programación R (asignación de variables, lectura de archivos: read.csv, read.delim, read.table; estructuras de datos: matrix, dataframe, list; tipos de datos: character, numeric, factor, logical, etc; instalación y uso de paquetes).

Servidor/Terminales. Para este curso se usará:

  • Un servidor con cuentas para cada usuario.
  • Terminales para que los usuarios se conecten al servidor; o bien el alumno podrá traer su computadora con MobaXterm, Zoc7 o alguna herramienta que nos permita realizar conexión SSH al servidor.

Contenido

El contenido del curso consiste en los siguientes temas:

  1. Introducción a Unix
  2. Manejo de archivos en Unix
  3. Estructura de trabajo y Tips de buenas practicas
  4. Manipulando archivos de secuencias de experimentos de RNA-seq
  5. Conteos, sustituciones, manipulación de columnas en archivos
  6. Introducción a experimentos de RNA-Seq
  7. Control de calidad de datos de secuenciación masiva (NGS)
  8. Ensamblando transcriptomas de novo usando Trinity
  9. Ensamblando transcriptomas guiado por genoma usando Cufflinks
  10. Alineamiento de lecturas a genomas y transcriptomas
  11. Uso de navegadores de genomas y transcriptomas para visualizar datos de RNA-Seq
  12. Anotación de transcriptomas
  13. Análisis de expresión diferencial