NGS: Genómica Funcional – Transcriptómica

Datos Generales

Código: T2-NGS-TF
Duración: 40 horas
Nivel: Intermedio
Idioma: Español

Profesores

Dra. Selene Lizbeth Fernández Valverde (LangeBio Cinvestav, México)
L.I. Heladia Salgado Osorio (Programa de Genómica Computacional, CCG UNAM, México)

Descripción

El taller presenta las tecnologías de NGS para el análisis funcional de genomas mediante diferentes técnicas de transcriptómica (RNA-seq), con énfasis en el manejo práctico de las metodologías computacionales (software); así como su aplicación al ensamble de transcriptomas y análisis de expresión diferencial de genes.

Objetivo del curso

Brindar las habilidades necesarias para entender y utilizar eficazmente las herramientas bioinformáticas para el análisis de experimentos transcriptómicos usando RNA-Seq.

Audiencia

Está dirigido a personas que tienen conocimientos básicos en área de la computación, incluyendo experiencia con el uso y ejecución de comandos Linux vía terminal, así como con el lenguaje de programación R.

Pre-Requisitos

Unix/Linux a nivel intermedio. Todas las demostraciones de software se harán en este sistema operativo.

  • Los participantes necesitan tener conocimientos de nivel intermedio en la línea de comandos de UNIX/Linux; lo que implica, manejo de archivos y directorios (rm, mkdir, cd, less, cut, sort, uniq, etc), formateo de datos (awk o perl command line, sed).

Estadistica básica. Se requieren conocimientos básicos de estadística (conceptos básicos: media, mediana, desviación estándar, distribuciones estadísticas, pruebas de hipótesis, logaritmos).

Lenguaje de programación R.

  • Los participantes deberán tener conocimientos básicos del lenguaje de programación R (asignación de variables, lectura de archivos: read.csv, read.delim, read.table; estructuras de datos: matrix, dataframe, list; tipos de datos: character, numeric, factor, logical, etc; instalación y uso de paquetes).

Servidor/Terminales. Para este curso se usará:

  • Un servidor con cuentas para cada usuario.
  • Terminales para que los usuarios se conecten al servidor; o bien el alumno podrá traer su computadora con MobaXterm, Zoc7 o alguna herramienta que nos permita realizar conexión SSH al servidor.

Contenido

El contenido del curso consiste en los siguientes temas:

  1. Introducción a Unix
  2. Manejo de archivos en Unix
  3. Estructura de trabajo y Tips de buenas practicas
  4. Manipulando archivos de secuencias de experimentos de RNA-seq
  5. Conteos, sustituciones, manipulación de columnas en archivos
  6. Introducción a experimentos de RNA-Seq
  7. Control de calidad de datos de secuenciación masiva (NGS)
  8. Ensamblando transcriptomas de novo usando Trinity
  9. Ensamblando transcriptomas guiado por genoma usando Cufflinks
  10. Alineamiento de lecturas a genomas y transcriptomas
  11. Uso de navegadores de genomas y transcriptomas para visualizar datos de RNA-Seq
  12. Anotación de transcriptomas
  13. Análisis de expresión diferencial