Análisis de datos NGS con Galaxy (RNA-seq y ChIP-seq)

Datos generales

Encuesta de Evaluación de los TIBs2017

 

Código:    T5-NGS-GLX
Duración:  40 horas
Fecha: del 23 al 27 de Enero de 2017
Nivel: básico-intermedio
Idioma: Inglés / Español
Lugar: Aula 1 LCG     Lista de confirmados

Descarga el Material de curso

Profesor

Dr. Jacques van Helden (Université d’Aix-Marseille, Francia)

Dr. Denis Puthier,

Dr. Claire Rioualen

Descripción

Taller de nivel básico-intermedio, se centrará en el análisis de datos de secuenciación masiva (NGS) sobre la regulación genética y epigenética (RNA-seq + CHIP-seq), usando  la interfaz web de Galaxy.

Objetivo del curso

Brindar las habilidades necesarias en el uso de Galaxy para el tratamiento de datos genómicos.

Audiencia

Este curso va dirigido a los biólogos (estudiantes de doctorado, investigadores, profesores, técnicos, etc.) que requieren manejar y utilizar datos de NGS, y que no tienen las habilidades bioinformáticas necesarias para hacerlo.

Requisitos

  • Traer computadora con al menos 8 GB de memoria RAM
  • Tener instalado un navegador web (Firefox, Chrome, etc.)

Contenido

  • Presentación
  • Galaxy I: Manejo TP y presentación de instancias
  • Galaxy II: Métodos de alineamiento
  • Galaxy III: Control de calidad, post-tratamiento, alineamiento; gestión de datos
  • Galaxy IV: Visualización
  • CHIP-seq: Calidad, normalización, peak-calling
  • ChIP-seq: Interpretación de picos
  • CHIP-seq: Estado de la cromatina
  • RNA-seq: Expresión diferencial
  • RNA-seq: Detección de transcritos