NGS Ensamble y Anotación de Genomas

Encuesta de evaluación TIB2017

Datos generales

Código: T3-NGS-EG
Duración: 40 horas
Fecha: del 16 al 20 de Enero de 2017
Nivel: intermedio
Idioma: Español
Lugar: Aula 3 LCG

Lista de confirmados

Profesor

Dr. Luis Lozano Aguirre (CCG, UNAM, México)

Descripción

El taller presenta las tecnologías de NGS y metodologías para el ensamblado de genomas de novo basados en referencia, así como su anotación. Este curso está enfocado primordialmente en el manejo práctico de las metodologías computacionales.

Objetivo del curso

Al final del curso los participantes:

  • Tendrán conocimientos teóricos sobre las principales tecnologías de secuenciación de DNA
  • Adquirirán conocimientos prácticos y teóricos sobre las metodologías para ensamblar y anotar genomas

Audiencia

Estudiantes e investigadores en genómica, genética, bioinformática o ciencias computacionales, con especial interés en el manejo de datos genómicos y ensamblado de genomas, y/o que sus proyectos de investigación se vean beneficiados con este conocimiento.

Requisitos

  • Los participantes necesitan dominar la línea de comandos de UNIX/Linux. Todas las demostraciones de software se harán en este sistema operativo.
  • Conocimientos básicos de estadística
  • Para este curso, se tendrá disponible un servidor con cuentas para cada usuario. Se tendrán terminales para que los usuarios se conecten al servidor. Si quieres traer tu computadora no hay inconveniente, sólo que deberá traer instalado zoc7 o alguna herramienta que nos permita realizar conexión al servidor.

Contenido

Tecnologías de Secuenciación de DNA

  • Primera generación (Sanger)
  • Segunda generación (454, Illumina, Ion Torrent)
  • Tercera generación (PacBio)

Construcción y características de librerías

  • shot-gun
  • paired-end
  • mate-pair

Manejo de datos de NGS. Formatos de archivo, identificadores, modelos de error y calidad. Herramientas de transformación y preprocesado. Control de calidad y filtrado de lecturas.

  • Plataformas: Illumina, Ion Torrent y PacBio
  • Lecturas tipo paired-end y mate-pair

Bases de datos genómicas

  • NCBI
  • EMBL
  • DDBJ

Algoritmos para ensamble de genomas de novo

  • Técnicas y algoritmos para lecturas de un solo tipo
  • Técnicas y algoritmos para ensambles híbridos
  • Ensambladores: Velvet (Illumina), Newbler, Spades (Illumina, PacBio). Ejemplos de uso y características del output

Remapeo de lecturas y técnicas de validación de ensambles

  • Comparación con genomas de referencia – MUMMER
  • Alineadores: BOWTIE, MAQ, SMALT
  • Visualización: BAMview, IGV, Artemis

Anotación de Genomas. Modelos de genes en procariontes y eucariontes

  • rRNA y tRNA
  • CDSs, intrones/exones
  • Predictores de genes: AUGUSTUS, Glimmer3
  • Anotaciones automáticas y manuales
  • Bases de datos para anotación

Visualización de genomas.

  • Artemis, ACT

Práctica Final. Conclusiones y Perspectivas.