NGS Genómica Funcional: Transcriptómica

Datos Generales

Encuesta de Evaluación delos TIBs2017

 

Código: T6-NGS-GF
Duración: 40 horas
Fecha: del 23 al 27 de Enero de 2017
Nivel: básico-intermedio
Idioma: Español
Lugar: Aula 3 LCG

Lista de confirmados

Profesor

Dra. Selene Lizbeth Fernández Valverde (LangeBio Cinvestav, México)

Descripción

El taller presenta las tecnologías de NGS para el análisis funcional de genomas mediante diferentes técnicas de transcriptómica (RNA-seq), con énfasis en el manejo práctico de las metodologías computacionales (software); así como, su aplicación al ensamblado de transcriptomas y análisis de expresión diferencial de genes.

Objetivo del curso

Brindar las habilidades necesarias para entender y utilizar eficazmente las herramientas bioinformáticas para análisis de experimentos transcriptómicos usando RNA-Seq.

Audiencia

Esta dirigido a personas que tienen conocimientos básicos en área de la computación, incluyendo alguna experiencia con el uso de Linux vía terminal, así como con el lenguaje de programación R.

Requisitos

  • Unix. Todas las demostraciones de software se harán en este sistema operativo.
    • Los participantes necesitan tener conocimientos de nivel intermedio en la línea de comandos de UNIX/Linux lo que implica manejo de archivos y directorios (rm, mkdir, cd, less, cut, sort, uniq, etc), formateo de datos (awk o perl command line, sed).
    • O haber tomado el curso de Habilidades Bioinformáticas que se da la primera semana del TIB2017.
  • R.
    • Los participantes deberán tener conocimientos básicos del lenguaje de programación R (asignación de variables, lectura de archivos: read.csv, read.delim, read.table; estructuras de datos: matrix, dataframe, list; tipos de datos: character, numeric, factor, logical, etc; instalación y uso de paquetes).
    • O haber tomado el curso de Habilidades Bioinformáticas que se da la primer semana del TIB2017.
  • Se requieren conocimientos básicos de estadística (conceptos básicos: media, mediana, desviación estándar, distribuciones estadísticas, pruebas de hipótesis).
  • Para este curso, se tendrá disponible un servidor con cuentas para cada usuario. Se tendrán terminales para que los usuarios se conecten al servidor. Si quieres traer tu computadora no hay inconveniente, sólo que deberá traer instalado zoc7 u alguna herramienta que nos permite realizar conexión al servidor.

Contenido

  • Introducción a experimentos de RNA-Seq
  • Control de calidad de datos de secuenciación masiva (NGS)
  • Ensamblando transcriptomas de novo usando Trinity
  • Ensamblando transcriptomas guiado por genoma usando Cufflinks
  • Alineamiento de lecturas a genomas y transcriptomas
  • Uso de navegadores de genomas y transcriptomas para visualizar datos de RNA-Seq
  • Anotación de transcriptomas
  • Análisis de expresión diferencial