Nivel: principiante
Objetivo: Presentar una introducción al biocómputo en el ambiente Linux. En la primera semana se enseñará el uso del sistema operativo, incluyendo bases de programación en Bash (Shell), para un manejo eficiente del sistema, incluyendo la automatización de procesos repetitivos. Todo ello con un enfoque práctico, dirigido a bioinformática. La segunda semana estará dirigida a enseñar conceptos y programas centrales de bioinformática, mismos que serán utilizados desde la línea de comandos.
Requisitos: Ser estudiante o profesional con conocimientos de biología, medicina o disciplinas afines y que tengan necesidad de aprender el biocómputo en el ambiente Linux. No se requieren conocimientos previos de Linux o programación. Algunas de las pláticas y talleres serán en inglés, por lo tanto se requiere dominio del idioma.
Lugar: Aula 3 LCG
Programa
Semana 1 (del 13 al 17 de Enero de 2014)
Descubriendo el poder del intérprete de comandos (shell); bye bye Windows!
Día 1.
Lunes 13 de Enero |
Introducción e interacción con Linux. Georgios Magklaras (UiO, Noruega) |
10:30-11:30 |
Infraestructura local 
Introducción a Linux:
- Historia
- ¿Por qué usar Linux?
- Estructura de Linux
|
11:30-12:00 |
Coffee break |
12:00-13:30 |
Distribuciones de Linux
Instalación de Linux
Interactuando con Linux (GUI, command line)
Shell o línea de comandos
- Principios básicos del shell
- El shell prompt
- Ambiente del shell y sus variables
- Sistema de archivos
- Navegando en el sistema de archivos
- Listando archivos
|
13:30-15:30 |
Comida |
15:30-16:45 |
Práctica 1. Interactuando con Linux y su sistema de archivos |
16:45-17:00 |
Cofee break |
17:00-18:30 |
Práctica 1. Interactuando con Linux y su sistema de archivos |
Día 2.
Martes 14 de Enero. |
Comandos básicos para el manejo de archivos y procesos. Heladia Salgado (CCG-UNAM, México), Georgios Magklaras (UiO, Noruega) |
10:00-11:30 |
Tipos de archivos 
Tips para el nombrado de archivos y directorios
Comodines
Comandos para el manejo de archivos y directorios
- Permisos
- Listar
- Desplegar el contenido de un archivo
- Mover y renombrar
- Copiar
- Borrar
Comandos para el manejo de archivos comprimidos
Redireccionamientos y tuberías
Editores de texto |
11:30-12:00 |
Coffee break |
12:00-13:30 |
¿Qué es un proceso?
Comandos para el manejo de procesos
- Despliegue de los procesos (ps,top, pstree, jobs)
- Detener un proceso
- Procesos en primer y segundo plano (bg, fg)
|
13:30-15:30 |
Comida |
15:30-16:45 |
Práctica 2. Manejando archivos y procesos |
16:45-17:00 |
Coffee break |
17:00-18:30 |
Práctica 2. Manejando archivos y procesos |
Día 3.
Miércoles 15 de Enero |
Comandos para manipular el contenido de un archivo. Heladia Salgado (CCG-UNAM, México), Georgios Magklaras (UiO, Noruega) |
10:00-11:30 |
Contando líneas 
Cortando líneas
Ordenando líneas
Manejo de líneas repetidos
Búsqueda de patrones |
11:30-12:00 |
Coffee break |
12:00-13:30 |
Awk 
Perl command line  |
13:30-15:30 |
Comida |
15:30-16:45 |
Práctica 3. Manipulando la información de un archivo |
16:45-17:00 |
Coffee break |
17:00-18:30 |
Práctica 3. Manipulando la información de un archivo |
Día 4.
Jueves 16 de Enero |
Scripts y variables de ambiente. |
10:00-11:30 |
Variables de ambiente
- Para qué sirven las variables de ambiente
- Creación de variables de ambiente
- Exportar variables de ambiente
- Concatenar valores a una variable
- Eliminar una variable
- Variables permanentes
|
11:30-12:00 |
Coffee break |
12:00-13:30 |
Introducción a los scripts en shell |
13:30-15:30 |
Comida |
15:30-16:45 |
Práctica 4. Manejando variables y scripts |
16:45-17:00 |
Coffee break |
17:00-18:30 |
Práctica 4. Manejando variables y scripts |
Día 5.
Viernes 17 de Enero |
Proyecto |
10:00-11:30 |
Descripción del proyecto
Desarrollo del proyecto |
11:30-12:00 |
Coffee break |
12:00-13:30 |
Desarrollo del proyecto |
13:30-15:30 |
Comida |
15:30-16:45 |
Desarrollo del proyecto
Entrega de resultados |
16:45-17:00 |
Coffee break |
17:00-18:30 |
Revisión de resultados |
Semana 2 (del 20 al 24 de Enero de 2014): Bioinformática básica desde la línea de comandos
- Concepto de homología. Enrique Merino (IBt-UNAM). Lunes 20.
- Búsqueda de homólogos en bases de datos mediante BLAST
- Formateo de bases de datos locales
- Parseo de resultados de BLAST
- Búsqueda textual de secuencias en GenBank mediante Entrez
- Alineamientos múltiples. Pablo Vinuesa (CCG-UNAM). Martes 21.
- Algoritmos básicos
- Uso de clustalw, muscle y mafft desde la línea de comandos
- Alineamientos de codones y secuencias ribosomales
- Edición de alineamientos y su concatenación
- Inferencia filogenética 1: Conceptos básicos, métodos de distancias y modelos de sustitución. Pablo Vinuesa (CCG-UNAM). Miércoles 22.
- Modelos de sustitución y métodos de distancia
- Prueba de bootstrap
- Uso del paquete Phylip y programas para automatizar análisis con Phylip
- Inferencia filogenética 2: Máxima verosimilitud. Pablo Vinuesa (CCG-UNAM). Jueves 23.
- Modelos de sustitución empíricos y paramétricos
- Selección de modelos de sustitución jModelTest y ProtTest
- Algoritmos de búsqueda de árboles y su implementación en PhyML3
- Inferencia filogenética 3: Inferencia bayesiana de filogenias. Viernes 24.
- MrBayes
- Análisis de convergencia de corridas MCMCMC independientes